Với giá trị chiết suất dao động trong khoảng 1,54 - 1,55 và tỷ trọng 2,65 - 2,66 thạch anh rất dễ phân biệt với các loại đá quý khác. Để phân biệt với canxedon người ta dùng dung dịch tỷ trọng 2,62 khi đó canxedon sẽ nổi còn thạch anh chìm; với topaz và saphia bởi giá trị chiết suất; với thuỷ tinh bởi đặc tính quang học; với aventurin màu lục thường nhầm với nephrite hoặc jadeit nhưng chúng có tỷ trọng và giá trị chiết suất thấp hơn.

Trong chiến tranh thế giới thứ 2 khi hồng ngọc và xa-phia tổng hợp mới xuất hiện trên thị trường và đang còn khan hiếm người ta thường dùng thạch anh để làm giả chúng khi đó thạch anh thường được xử lý để cho màu lam đậm và giả hình dạng của xa-phia, đối với loại này bằng việc xác định chiết suất và giám định dưới kính ta sẽ phân biệt được chúng.

Ametit rất dễ nhầm với beryl, fluorit, thuỷ tinh, corindon tổng hợp, kunzit, spinen, topaz và tuamalin, và dạng tổng hợp không không phục vụ cho ngành trang sức. Thạch anh ám khói rất dễ nhầm với andalusit, sanidin, tourmalin. Citrin rất dễ nhầm với beryn màu vàng, Orthoclas, topaz vàng và tuamalin vàng.